ImageMagick の convert を用いる。標準出力に出力。

convert input.pgm -compress none pgm:-

PGM（アスキー）の最初の3行を取り除くと、空白区切りのCSVとして取り扱える。

convert input.pgm -compress none pgm:- | tail -n+4 -

行数をrows、列数をcols、CSVのセル値の範囲は0〜255の整数で、区切り文字は空白(space)とする。

echo 'P2
rows cols
255' | cat - input.csv | pgmtopgm > output.pgm

man 3 pgm の Plane PGM の説明には“No line should be longer than 70 characters.”との注意書きがあるが、これを越えても大丈夫そうである。