あにねこ電脳覚書 - サポート掲示板

電子国土Webシステム用XMLデータ仕様書（p.15）によると、

　例えば、 <size>24,static</size>とすると、画面上で常に24ポイントの大きさのアイコンとして表示され、
　<size>500,dynamic</size>とすると、現実世界で500mの大きさのアイコンとなる。

ということで、GPX2JSGIでは static に変換しているので、size を変えると表示サイズも変わるはずなのですが、
仕様書に続きがあって、

　注：ただし現時点にお いてプラグイン版電子国土Webシステムでは、アイコンの大きさをstaticで指定することはできない。
　指定しても元々の画像のサイズとして表示される。非プラグイン版では指定 のサイズで表示される。

ということですので、現時点では画像サイズ自体を小さくするしかないようです。
（dynamicの方は試してみたことはないです。）
このあたりは、電子国土Webシステムも開発途上なので、ちょっと不便な点です。

シンボルは、http://cyberjapan.jp/symbols/XXX.bmpにありますので、これをダウンロードしてサイズを変更し、
自サイトに設置して使用するという方法が考えられると思います。
（もちろん、自分でシンボル画像を作っても可）