ここに記されてますね。すみませんでした。
http://www.gsi.go.jp/johofukyu/portal_use.html従来版でXMLデータは成功したの理由も、朱書きで
「※電子国土WebシステムVer. 2(非プラグイン版)の上乗せ情報(XML)表示機能は、2011年12月22日20時に復旧しました。」
となってます。
あにねこさんがVer.3というかXMLデータに移行された理由は、
電子国土は、ネイティブデータのサポートを縮小するので、XMLデータを使用する意向があるからですね。
データサイズが10倍になりますが、仕方ありません。私もXMLデータ化していきます。
ありがとうございました。