電子国土Webシステム用XMLデータ仕様書(p.15)によると、
例えば、 <size>24,static</size>とすると、画面上で常に24ポイントの大きさのアイコンとして表示され、
<size>500,dynamic</size>とすると、現実世界で500mの大きさのアイコンとなる。
ということで、GPX2JSGIでは static に変換しているので、size を変えると表示サイズも変わるはずなのですが、
仕様書に続きがあって、
注:ただし現時点にお いてプラグイン版電子国土Webシステムでは、アイコンの大きさをstaticで指定することはできない。
指定しても元々の画像のサイズとして表示される。非プラグイン版では指定 のサイズで表示される。
ということですので、現時点では画像サイズ自体を小さくするしかないようです。
(dynamicの方は試してみたことはないです。)
このあたりは、電子国土Webシステムも開発途上なので、ちょっと不便な点です。
シンボルは、
http://cyberjapan.jp/symbols/XXX.bmpにありますので、これをダウンロードしてサイズを変更し、
自サイトに設置して使用するという方法が考えられると思います。
(もちろん、自分でシンボル画像を作っても可)